7. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999
Pembunuhan dukun santet adalah peristiwa yang diawali dengan perburuan dan pembunuhan terhadap orang yang diduga melakukan santet atau praktik ilmu hitam. Hal ini dipicu oleh keresahan masyarakat terhadap isu tertentu di Banyuwangi, Jawa Timur. Sejarah kelam ini memakan korban jiwa hingga ratusan orang dan saat ini masih belum menemui titik akhir. Komnas HAM telah selesai melakukan penyelidikan terhadap kasus tersebut. Hasil penyidikan juga telah dikirim ke Kejagung dan Presiden pada 2019.
8. Peristiwa Simpang KKA Aceh 3 Mei 1999
Melansir KontraS, peristiwa Simpang KKA bermula dari kekerasan aparat TNI pada 3 Mei 1999 yang terjadi di Aceh Utara. Saat itu, tentara militer menembaki warga sipil yang berunjuk rasa lantaran ada penganiayaan terhadap warga. Peristiwa ini juga terjadi saat Aceh berstatus DOM. Peristiwa ini mengakibat 23 orang meninggal dunia dan 30 orang luka-luka.
Pada 26 Juni 2016 lalu, Komnas HAM telah selesai melakukan penyelidikan dan menyatakan adanya dugaan pelanggaran HAM berat. Namun, sampai sekarang belum ada pelaku yang ditangkap dan diadili atas peristiwa ini. Bolak-balik berkas antara Kejaksaan Agung dan Komnas HAM masih terjadi, hingga 28 Desember 2018 lalu, Komnas HAM menyerahkan kembali 9 berkas penyelidikan setelah sebelumnya dikembalikan.
9. Peristiwa Wasior dan Wamena 2001
Peristiwa di Wasior, Manokwari, Papua, dipicu oleh terbunuhnya lima anggota Brimob dan satu orang sipil di perusahaan CV Vatika Papuana Perkasa di Desa Wondiboi, Distrik Wasior. Mengutip laman KontraS (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan), sejumlah pasukan polisi dikerahkan untuk menangkap pelaku yang juga diduga mengambil enam pucuk senjata dari Anggota Brimob yang tewas.
Namun pengejaran pelaku oleh aparat disertai tindak kekerasan terhadap penduduk sipil yang tidak bersalah pada 13 Juni 2001 lalu. Berdasarkan laporan KontraS, tercatat empat orang tewas, satu orang mengalami kekerasan seksual, lima hilang, dan 39 disiksa.
Sementara itu, kasus di Wamena terjadi pada 4 April 2003 yang bertepatan dengan Hari Raya Paskah. Pada saat itu, sekelompok massa tidak dikenal melakukan penyisiran ke 25 kampung di Wamena. Mereka mencoba membobol gudang senjata Markas Kodim 1702/Wamena. Dampak dari peristiwa itu, Komnas HAM mencatat 9 orang tewas dan 38 orang lainnya luka berat.
Tim Ad Hoc Papua Komnas HAM telah melakukan penyelidikan pro justisia terhadap dua kasus tersebut pada 17 Desember 2003 hingga 31 Juli 2004. Namun Kejagung sempat menolak hasil laporan Komnas HAM dengan alasan laporan tidak lengkap.
