4. Peristiwa Rumoh Geudong Aceh 1998
Tragedi Rumah Geudong merupakan peristiwa penyiksaan terhadap masyarakat Aceh yang dilakukan oleh aparat TNI selama masa konflik Aceh (1989-1998). Peristiwa ini berlangsung ketika wilayah Aceh tengah dalam status Daerah Operasi Militer (DOM) pada 1989-1998. Pada saat itu pemerintah melalui panglima ABRI memutuskan untuk melancarkan operasi jaring merah. Dalam operasi tersebut, Korem 011/Lilawangsa menjadi pusat komando lapangan.
Hasil penyelidikan Komnas HAM menunjukan bahwa dalam peristiwa tersebut terendus indikasi pelanggaran HAM berupa kekerasan seksual, penyiksaan, pembunuhan, hingga penghilangan secara paksa. Berkas hasil penyelidikan itu telah diserahkan ke Kejagung pada 28 Agustus 2018. Namun, sampai saat ini tindak lanjut dari Kejagung belum juga selesai.
5. Kerusuhan Mei 1998
Kerusuhan Mei 1998 terjadi pada 13 – 15 Mei 1998 di Jakarta dan sejumlah kota lain akibat krisis moneter. Peristiwa ini adalah peristiwa kerusuhan yang melibatkan isu SARA. Selain penjarahan besar-besaran, disebut terdapat pula tindak kejahatan seksual terhadap perempuan. Korban dari kerusuhan tersebut didominasi oleh etnis Tionghoa. Komnas HAM menyebut peristiwa tersebut sebagai pelanggaran HAM berat masa lalu. Sampai saat ini, penyelesaian kasus tersebut tidak kunjung menemui titik terang.
6. Tragedi Trisakti, Semanggi I, dan Semanggi II
Tragedi Trisakti dikenang sebagai peristiwa mematikan yang terjadi pada Mei 1998 jelang lengsernya Soeharto. Pada saat itu terjadi penembakan terhadap warga sipil, terutama mahasiswa. Tragedi ini menewaskan 4 mahasiswa.
Usai kasus Trisaksi, pada 13 November 1998, peristiwa penembakan oleh aparat kembali terjadi kepada mahasiswa yang berdemonstrasi memprotes Sidang Istimewa DPR/MPR dan menolak Dwifungsi ABRI di kawasan Semanggi. Tragedi ini dikenal dengan peristiwa Semanggi I. Menurut data Tim Relawan untuk Kemanusiaan, jumlah korban tewas mencapai 17 orang warga sipil terdiri dari berbagai kalangan, dan ratusan korban luka tembak, dan terkena benda tumpul.
Pada 24 September 1999, rencana pemberlakukan UU Penanggulangan Keadaan Bahaya (PKB) kembali memicu demonstrasi besar dari mahasiswa karena dianggap bersifat otoriter. Penembakan terhadap mahasiswa pun kembali dilakukan dan dikenang sebagai peristiwa Semanggi II. Merujuk catatan KontraS menyebutkan 11 orang meninggal di seluruh Jakarta dan sekitar 217 orang mengalami luka.
Komnas HAM telah melakukan investigasi yang selesai pada Maret 2002. Hasil penyelidikan itu telah dikirim ke Kejagung untuk dilakukan penyidikan. Namun, Kejagung beberapa kali mengembalikan berkas hasil penyidikan tersebut. Anehnya, pada 13 Maret 2008 berkas tersebut sempat dinyatakan hilang.
